市政工程实验室始建于1980年，前身为南京建工学院给排水实验室，由当时给排水专业的教师、实验员进行实验室的规划、设计和建设，实验室面积约160㎡。整个实验室自成一体，其实验项目的开设和装置的建设多为自行设计并加工，如建筑给排水的3套装置颇具特色，在全国建筑类院校中较为领先、具有一定的影响。实验室当时主要承担本校的给排水专业专、本科的实验教学任务，此外还承担其他企事业单位的科研、产品开发、测试任务以及教研室的科研实验任务。

2002年后两校合并，重新组建为市政工程实验室。实验室搬迁至江浦新校区，面积增至360㎡，实验室现有实验师3名，教师5名，实验室总资产达85万元。

实验室主要承担教学任务是给排水实验，有水泵与水泵站、建筑给排水、水处理实验技术三门课程共9个实验，其中验证性实验3个（即离心泵构造构件认识、卫生器具安装及管道连接、排水系统演示），综合性实验6个（即离心泵特性曲线测定、水质回流污染及防护措施、颗粒自由沉淀、混凝沉淀实验、过滤及反冲洗实验、曝气充氧实验）。

实验室还为研究生的培养提供了一个良好的实验研究平台。近年来我实验室完成了省教育厅、省科技厅等立项科研项目及大量企事业单位横向科研实验及测试。